В последние годы тема профилактики и коррекции дисбактериозов у домашних животных, как и у людей, стала модной. Создают многочисленные пробиотики (препараты из живых бактерий, их спор и продуктов жизнедеятельности), обогащают бактериями готовые корма. тем не менее, как и прежде,  у мелких домашних животных во многих случаях сложно восстановить нормальный процесс пищеварения и микробиоценоз.
Одной из проблем является то, что производители фармацевтической продукции и готовых кормов при выборе микроорганизмов чаще руководствуются не физиологической рольюфизиологической ролью и полезными свойствами последних, а такими критериями как их дешевизна и доступность культивирования, способность выдерживать нагревание при гранулировании, возможность длительного хранения получаемой продукции и т.д. В аннотациях и рекламных материалах часто дают однотипные фармакологические характеристики для совершенно разных по свойствам препаратов.
                                                  Состав нормальной микрофлоры ЖКТ
В обычных условиях нормальная микрофлора постоянно присутствует в организме животных. Микробиоценозы формируются в естественных биотопах.
Различают хорактерную для данного вида (облигатную, резидентную) и случайную (факультативную, транзиторную) микрофлору. Состав нормальной флоры ЖКТ у здоровой особи включает более 400 видов микроорганизмов-симбионтов. При отсутствии существенных нарушений кормления, содержания, стрессовых ситуаций, заболеваний, применение фармакологических препаратов он колеблется незначительно.
Под действием слюны, кислоты, пепсина значительная часть транзиторной микрофлоры гибнет еще в желудке. В двенадцатиперстной, тощей, краниальной части подвздошной кишки рост микроорганизмов ограничен выбросом желчных кислот, ферментов кишечника и поджелудочной железы, активной перистальтикой, секрецием иммуноглобулинов (LgA,LgE). На этих участках доминируют бифидобактерии, энтерококки, стрептококки, встречаются кандиды. В каудальной части подвздошной кишки и в толстом кишечнике микробиоценоз разнообразен и зависит от наличия трудноферментируемых пищевых волокон в кормах. Волокна представляют собой натуральный пребиотик - субстрат для нормальной микрофлоры.
Кроме перечисленных выше здесь всегда имеются бактероиды, клостридии, эубактерии, фузобактерии, вейолонеллы, пептококки, пептострептококки, актиномицеты и др.  В 1 гр. фецес в зависимости от влажности содержится до 10*10 -  10*12 микробных клеток (15...30% по массе). Основу нормальной микрофлоры кишечника мелких домашних животных и птиц составляет неспорообразующие анаэробные микроорганизмы.
  Бифидобактерии
Из неспорообразующих анаэробных микроорганизмов доминируют грамположительные бифидобакитерии (в 1 гр. содержимого кишечника в зависимости от возраста, типа кормления и др. их численность достигает 10*12). Это анаэробы, чувствительные к составу питательных сред, трудоемкие в культивировании. Бифидобактерии не образуют спор, не выдерживают высоких температур, т.е. гранулирование - для них хорактерно таблетирования.
Бифидобактерии играют очень важную роль в симбиотических отношениях с макроорганизмом. Выраженная способность к адгезии обеспечивает их прекрипление к поверхности слизистой кишечника, участие в пристеночном пищеварении, ферментации субстратов и в конкуренции за пищевую нишу с другими представителями микрофлоры. Формируя биопленки на поверхности слизистой кишечника, бифидобактерии препятствуют размножению патогенных и условно-патогенных бактерий, что определяет колонизационную резистентность. Их антагонистическая активность связана с образованием ацетата, лактата, ЛЖК, лизоцимоподобных и др. веществ с антибактериальной активностью. бифидобактерии подавляют токсинообразование и разрушают токсины патогенных бактерий и кормов. они используют аммиак в просвете кишечника для синтеза собственных структурных белков, существенно снижая токсическую нагрузку на печень.
Бифидобактерии природные иммуномодуляторы. они стимулируют пролиферацию лимфоидной ткани ЖКТ, усиливают фагоцитарную активность макрофагов, моноцитов, гранулоцитов, специфический гуморальный иммунитет, синтез цитокинов, включая противоопухолдевую защиту.
                                                                                            Лактобактерии
Молочнокислые бактерии, представители рода Lactobacterium - вторая по численности и значимости группа нормальной микрофлоры домашних мелких животных. По мнению некоторых практикующих врачей, у взрослых собак, кошек, кроликов, морских свинок а тем более декоративных птиц лактобактерии не могут играть существенной роли,  поскольку эти животные во взрослом состоянии молоком не питаются. Это заблуждение, т.к. свое название лактобактерии по способности продуцировать молочную кислоту, а не по субстрату. напротив, присутствие этих бактерий очень существенно. Они сдерживают рост и развитие псевдомонад, эшерихий, сальмонелл, шигелл, стрептококков, стафилококков, анаэробных бактерий включая анаэробных бактерий, включая кластридий. Актагонистическая активность лактобактерий обусловлена синтезорм органических кислот и бактериоцинов, которые фиксируются на специфических рецепторах возбудителей, изменяя структуру и проницаемость их клеточной стенки и вызывая в некоторых случаях ее лизис. Бактериоцины подавляют синтез микробного белка и ДНК,  обладают противоопухолевым эффектом. Кроме того, лактобактерии продуцируют лантабиотики - антимикробные вещества, которые мало чуствительны к ферментам кишечника, а также низкомолекулярные органические соединения небелковой природы, которые активны в присутствии аминокислот или пероксида водорода.
                                                                                                        Бактероиды
  Эти микроаргонизмы входят в состав нормальной микрофлоры ЖКТ, ротовой полости, верхних дыхательных путей, мочеполовых органов, включает более 20 видов.